La Cour n'ordonne pas le retour à l'état originel des lieux mais adopte une solution médiane.
Par un premier arrêt intervenu le 18 décembre 2008, la Cour administrative d'appel de Lyon avait jugé que l'autorisation de travaux accordée par le maire de Chindrieux (73) à la Communauté d'agglomération du Lac du Bourget, le 29 octobre 2002, pour la construction d'un port de plaisance de 60 anneaux avec aires de pique-nique et de stationnement sur une surface de 15 900 m², était illégale, les dispositions impératives de l'article L.146-6 du code de l'urbanisme issues de la loi Littoral ayant été méconnues .
Le secteur du Portout, situé dans une partie naturelle du site inscrit du Lac du Bourget, que la commune a retenu pour cet aménagement, constitue une zone humide au sens du code de l'environnement et est reconnu comme un espace à la fois remarquable et fragile où les équilibres biologiques et la biodiversité doivent être préservés.
La construction ayant pour l'essentiel été effectuée avant l'intervention de la décision juridictionnelle précitée, la Cour administrative d'appel de Lyon a été saisie de conclusions à fin d'exécution tendant à la remise des lieux dans leur état d'origine.
Par un second arrêt intervenu le 26 novembre 2009, la Cour a estimé que cette lourde installation ne pouvait continuer à fonctionner car elle venait rompre l'unité d'un milieu naturel fragile que la loi a entendu protéger comme espace remarquable.
La Cour considère que, « si la navigation de plaisance occupe une place dans l'économie touristique locale, il ne ressort pas des pièces du dossier que l'aménagement en cause serait indispensable à l'exercice de cette activité de loisirs, dès lors, notamment, que d'une manière générale le remisage des bateaux qui de toute manière ne peuvent tous bénéficier d'une place à quai, peut être effectué « à sec », et qu'en l'espèce sa création n'a pas entraîné la suppression des amarrages irréguliers le long du canal de Savière ; qu'ainsi, eu égard à l'intérêt public qui s'attache au maintien de la biodiversité et partant à la cessation de l'atteinte significative portée à l'unité d'un espace naturel fragile que la loi a entendu protéger comme espace remarquable, et qui représente un élément du patrimoine touristique local, la suppression de cet ouvrage qui peut être effectuée suivant les modalités définies ci-après pour un coût modéré, n'entraîne pas, même si son installation a représenté un coût financier, d'atteinte excessive à l'intérêt général ; que les mesures proposées par la communauté d'agglomération consistant dans une modification des critères d'accueil des bateaux privilégiant ceux de petit gabarit et faiblement ou non polluant, dans une réduction de l'emprise du parc de stationnement, la partie délaissée faisant l'objet de plantations, ainsi que dans une participation « en compensation » à la création d'une réserve naturelle sur un autre site ne sauraient assurer la satisfaction de l'intérêt public ; ».
Il s'agissait d'opérer une « pondération » entre les inconvénients du maintien d'une installation illégale, donc contraire à l'intérêt général, et les inconvénients toujours inhérents à une opération de démolition.
La Cour n'a cependant pas opté pour un retour à l'état originel des lieux qui aurait impliqué des travaux importants mais préféré une solution médiane : enlèvement des appontements, arasement des berges mais non comblement du bassin, suppression des aires de circulation et stationnement automobiles, permettant pour un coût modéré, un retour à terme à un état naturel des lieux.