Le Conseil d'Etat est venu préciser, dans sa décision du 4 mai 2012, les conditions dans lesquelles une subvention peut être accordée à une association qui, sans constituer une association cultuelle au sens de la loi du 9 décembre 1905, a de telles activités. L'arrêt rendu par la Cour administrative d'appel de Lyon le 21 avril 2009 est ainsi confirmé.
Une subvention peut être accordée par une collectivités territoriale à une association qui, sans constituer une association cultuelle au sens de la loi du 9 décembre 1905, a de telles activités, qu’en vue de la réalisation d’un projet, d’une manifestation ou d’une activité qui ne présente pas un caractère cultuel et n’est pas destiné au culte et à la condition, en premier lieu, que ce projet, cette manifestation ou cette activité présente un intérêt public local et, en second lieu, que soit garanti, notamment par voie contractuelle, que la subvention est exclusivement affectée au financement de ce projet, de cette manifestation ou de cette activité et n’est pas utilisée pour financer les activités cultuelles de l’association.En l'espèce, la Cour, après avoir annulé le jugement du Tribunal administratif de Lyon en date du 22 mars 2009, a par arrêt N°07LY01079 rendu le 21 avril 2009, rejeté la demande de la Fédération de la libre pensée et d'action sociale du Rhône qui tendait à l'annulation de la délibération du 20 janvier 2005 par laquelle la Ville de Lyon avait accordé à l’association Communauté Sant'Egidio France une subvention pour l'organisation à Lyon, du 11 au 13 septembre 2005, de la 19ème rencontre internationale pour la paix.